Resumen {-}

La Bioinformática Estructural se ocupa del estudio de la estructura molecular de proteínas y ácidos nucleicos con el fin de reconstruir su historia evolutiva e inferir sus posibles funciones. El objetivo de este material es ayudar a comprender las diferentes estrategias y algoritmos que se utilizan habitualmente con este fin.
El curso no incluye la disección formal de la eficiencia de cada algoritmo; en cambio, se apoya en validaciones empíricas publicadas en la literatura para describir los puntos fuertes y débiles de las diferentes estrategias. Solamente conociendo cómo funcionan estos algoritmos podremos elegir los más apropiados para cada problema y evaluar de manera crítica los resultados obtenidos.

Tras un breve repaso de fundamentos bioquímicos, este material presenta algunos algoritmos básicos, en su mayoria heurísticos, plantea problemas y estrategias para resolverlos.
A lo largo del curso encontraréis referencias a artículos que profundizan sobre aspectos particulares de cada tema, junto con ejemplos que a veces requieren de ciertos conocimientos de programación (en Perl y Python).
Los enlaces al código fuente en el texto tienen un formato distinto:
[fuente: prog3.1.py]

Este curso creció como material didáctico de la
Licenciatura en Ciencias Genómicas-UNAM desde 2008-2019 hasta 2026,
y lo hemos usado también en el
International Master in Plant Genetics, Genomics and Breeding
organizado por CIHEAM Zaragoza.

Agradezco a los alumnos por sus comentarios para mejorarlo, a M.Medina, J.Fernández-Recio y
A.Pascual-García por participar en el proceso de revisión abierta por pares para Digital.CSIC en 2018,
y a la Fundación ARAID por el apoyo desde el principio.

Cómo descargar y citar este curso {-}

Puedes descargar este material en formato PDF en Digital.CSIC y navegarlo en http://eead-csic-compbio.github.io/bioinformatica_estructural.

Este contenido se mantiene en el repositorio
https://github.com/eead-csic-compbio/bioinformatica_estructural,
que incluye código fuente dentro de la carpeta code.

Puedes citarlo como:

Contreras-Moreira B (2018) Algoritmos en bioinformática estructural. Edición 2026. doi:10.20350/digitalcsic/8544

@book{
  Author = {Contreras-Moreira, Bruno},
  Title = {Algoritmos en bioinform\'{a}tica estructural},
  Publisher = {Digital.CSIC},
  Edition = {2026},
  Year = {2018},
  url="https://doi.org/10.20350/digitalcsic/8544",
  doi = "10.20350/digitalcsic/8544"
}