Amplicon sequencing analysis workflow using DADA2 and QIIME2

FlexTaxD (Flexible Taxonomy Databases) - Create, add, merge different taxonomy sources (QIIME, GTDB, NCBI and more) and create metagenomic databases (kraken2, ganon and more )

Compare different differential abundance and expression methods

Collection of commonly used RDP Tools for easy building

Various functions for analysis of microbial community data

SINA - Reference based multiple sequence alignment

16S rDNA V3-V4 amplicon sequencing analysis using dada2, phyloseq, LEfSe, picrust2 and other tools. Demo: https://ycl6.github.io/16S-Demo/

The is mostly a wrapper tool using phyloseq and microbiome R packages.

A Collection of Bioinformatics Projects

Seplos Controller mit Webseite Der Esp8266 ist über ein Rs485 Modul mit dem Seplos BMS verbunden und kann diesem seine Daten entlocken. Shutdown Button: Das BMS wird ausgeschaltet , selbe Art als ob man länger auf dem BMS tastschalter bleibt. Kurzum die Firmware die es hier zum Download gibt, liest das Bms aus und es lässt sich per Button Klick abschalten. Es fehlen derzeit noch die Warnings . Was kann der ESP8266 Seplos Controller : Mqtt Schnittstelle, Payload ist ein Json Array , die Topic Addressen werden in der ESP Weg UI angezeigt und sind für jeden Esp induviduell unique. Http Schnittstelle, Daten werden als Json Array ausgegeben SAVE CONTROLER Button ist für spätere Funktionen reserviert Derzeit kann nur ein BMS damit ausgelesen werden, Multipackreading ... coming soon Die SOC Zeile blinkt wann es einen Discharge oder Charge übers BMS gibt, ansonsten bei Current==0 , bleibt die Zeile weiss und blinkt nicht. Die SOC Spalte ist wie im Batteriemonitor farbig 0-30% red, 30-50% yellow, 50-100% green! Esp Herzschlag bekommt die zusätzliche Bezeichnung DIS anghängt wann die Batterie Leistung abgeben muss!

Microbiome Analysis Using R Workshop originally organized for the 2018 ASM General Meeting in Atlanta, GA, but regularly updated since.

A Nextflow full-length 16S profiling pipeline for ONT reads

Tools for phylogenetic data analysis including visualization and cluster-computing support.

Standardized and Automated MetaBarcoding Analyses workflow (Mirror)

Dadaist2 🟨 Highway to R

:100: Snakemake-based amplicon processing protocol for 16S and ITS sequences.

accessory functions for processing microbial community data

Collection of notebooks describing the basic analysis workflow for a 16S rRNA gene amplicon sequencing project

Companion notebooks for "Dog and human inflammatory bowel disease rely on overlapping yet distinct dysbiosis networks"

A repository with a general dada2 pipeline for amplicon processing

Working Demo on 16S rDNA V3-V4 amplicon sequencing analysis using dada2, phyloseq, LEfSe, picrust2 and other tools. Visit repo website for HTML output

Simple script to generate Krona charts for all samples in an OTU table file

A comprehensive, compact, and automatically curated 16S database

No description provided.

Repository for V-Xtractor an open-source, high-throughput software tool to identify and extract hypervariable regions of small subunit (16S/18S) ribosomal RNA gene sequences

No description provided.

code to reproduce AIH results

MicrobiomeStat Tutorial Repository: This is a comprehensive resource for learning how to use the MicrobiomeStat package. It provides a step-by-step guide to effectively analyze complex microbiome data.

Mothur procedures for 16S and ITS analysis

Easy-to-use tool facilitating work with Mothur.